Le service des Agents infectieux et d’Hygiène est localisé au 2^ème étage du pavillon de biologie. Il est en charge du diagnostic direct (recherche de l’agent infectieux ou de ses composants) et du diagnostic indirect (recherche d’anticorps) des agents infectieux de nature virale, bactérienne, fongique ou parasitaire. Il participe également au suivi des infections chroniques et au traitement anti-infectieux. Il est scindé en deux grandes sous-disciplines :

• la Bactériologie-Virologie-Hygiène d’une part (section 45-01 du CNU),
  
• la Parasitologie-Mycologie d’autre part (section 45-02 du CNU).
  

Le service des Agents infectieux et d’Hygiène est agréé pour le diagnostic prénatal des maladies infectieuses au cours de la grossesse.

Bactériologie-Virologie-Hygiène

Cette sous-discipline prend en charge la recherche de bactéries, mycobactéries et virus dans tous les prélèvements d’origine humaine ou environnementale qui lui sont confiés. Par ailleurs, elle dispose d’un important secteur sérologique pour la détection des anticorps dirigés contre de nombreux micro-organismes. Elle participe à la prise en charge thérapeutique par la détermination de la sensibilité des agents infectieux aux antibiotiques et aux antiviraux.

En relation avec la recherche universitaire dans ce domaine, les secteurs d’excellence comportent :

• le diagnostic rapide de pathologies infectieuses sévères d’origine bactérienne ou virale (infections respiratoires, méningites, bactériémies…),
• la détection des bactéries et des virus par techniques d’amplification des acides nucléiques (biologie moléculaire),
• la prise en charge des infections par le virus HIV et les virus des hépatites et des infections virales de l’immunodéprimé,
• l’épidémiologie des infections nosocomiales bactériennes et virales associées aux soins,
• la détection des légionnelles dans l’environnement.

Parasitologie-Mycologie

Cette sous-discipline a une activité de diagnostic classique doublée d’une activité de diagnostic spécialisé :

• pour la parasitologie, le laboratoire est référent en matière de sérodiagnostic de la toxoplasmose et réalise tous les examens spécialisés de ce domaine d’activité. Il effectue l’ensemble des sérologies parasitaires dont il a la quasi exclusivité au niveau du bassin de la Loire. Concernant le diagnostic direct, il réalise de nombreux examens spécialisés faisant intervenir les lectures microscopiques classiques (telles que les recherches de leishmanies sur myélogramme et d’antigènes parasitaires : paludisme, amibiase, giardiase…) ou les détections de parasites par biologie moléculaire (pneumocystose, toxoplasmose),

• pour la mycologie, les activités de la discipline comprennent :
  - l’isolement et l’identification des levures dans tous types de prélèvements,
  - l’étude de la sensibilité des souches aux antifongiques,
  - la réalisation de sérologies fongiques et la recherche d’antigènes fongiques,
  - la recherche de levures et moisissures dans l'environnement.

Ouverture d’une consultation de dermato-mycologie tout particulièrement dédiée aux dermatomycoses

Modalités de la consultation, cliquez ici

Sous l’angle technique, le laboratoire comporte 5 grands secteurs

Secteur de cultures

Il prend en charge la mise en évidence directe, la culture et la résistance aux anti-infectieux de différents micro-organismes, il est subdivisé en plusieurs sous-secteurs :

• cultures bactériologiques et antibiogrammes,
• mycobactériologie,
• cultures mycologiques et antifongigrammes,
• détection de parasites,
• secteur réduit de cultures cellulaires pour la culture de quelques virus ou parasites.

Il possède un secteur de confinement de niveau 3 destiné à la prise en charge du diagnostic des infections à mycobactéries (tuberculose notamment) et à virus à haut risque (autorisation pour le diagnostic de la grippe aviaire par exemple et le MERS-CoV notamment).

Secteur d’hygiène

Il prend en charge le traitement des prélèvements d’environnements (air, eau, surfaces, alimentation…), avec deux zones distinctes (exigence réglementaire) pour :

• les recherches de bactéries, et notamment la détection de légionelles dans les eaux,
• les recherches de champignons et d’amibes telluriques.

Secteur de mesure de la résistance aux anti-infectieux

Il assure les examens suivants :

• Antibiogrammes spécialisés,
• détection de bactéries multirésistantes et des supports génétiques de cette résistance,
• dosage d’antibiotiques par techniques microbiologiques,
• résistance aux antifongiques,
• résistance aux antiviraux par techniques génotypiques.

Secteur de sérologies anti-infectieuses

Il est commun à la parasitologie, à la bactériologie, à la mycologie et à la virologie, avec détection d’anticorps (et de quelques antigènes) vis-à-vis de nombreux agents pathogènes par techniques immunologiques.

Secteur de biologie moléculaire

Il est en partie mutualisé entre la parasitologie, la bactériologie, la mycologie et la virologie, avec détection de génomes d’agents infectieux et séquençage partiel du génome de certains d’entre eux.

Horaires d'ouverture du laboratoire

• du lundi au vendredi de :
  - 8h00 à 16h00 pour l’Hygiène,
  - 8h00 à 18h00 pour la Virologie,
  - 8h00 à 19h00 pour la Bactériologie,
  - 8h30 à 18h00 pour la Parasitologie - Mycologie.

• le samedi de :
  - 8h00 à 19h00 pour la Bactériologie,
  - 8h30 à 13h00 pour la Parasitologie - Mycologie,
  - 9h00 à 13h00 pour la Virologie.

• le dimanche de :
  - 8h00 à 16h00 pour la Bactériologie